세포소기관(細胞小器官, 영어: organelle)은 세포생물학에서, 특수한 기능을 지닌 각각의 세포 구조를 의미하며, 진핵세포의 세포질 가운데 떠 있는 구조이다. 세포소기관은 현미경 및 세포 분류에 위해 구분됩니다
일부 대형의 세포소기관은 세균이 다른 세포에 공생한 것으로부터 유래했을지 모른다는 내부공생설이 있다. 이는 아래와 같은 세포소기관은 세포의 DNA와는 다른 자신만의 DNA를 지니고 있기 때문이다.
그 밖에 세포소기관은 다음과 같다.
기타 연관성 있는 구조는 다음과 같다.
