단백질 복합체(蛋白質複合體, 영어: protein complex)는 2개 이상의 연관된 폴리펩타이드로 구성된 복합체이다. 다중 단백질 복합체(多重蛋白質複合體, 영어: multiprotein complex)라고도 한다. 단백질 복합체는 다중 촉매 도메인이 단일 폴리펩타이드 사슬에서 발견되는 다중효소 복합체와 구별된다.
