생물 색소(生物色素, 영어: biological pigment 또는 biochrome)는 선택적 색상 흡수로 인한 색깔을 나타내며, 생물체에 의해 생성되는 물질이다. 생물 색소에는 식물성 색소와 꽃 색소가 포함된다. 피부, 눈, 깃털, 털, 머리카락과 같은 많은 생물학적 구조에는 색소포라고 불리는 특수한 세포에 멜라닌과 같은 색소가 포함되어 있다. 일부 종에서 생물 색소는 개체의 수명 동안 매우 오랜 기간에 걸쳐 축적된다.
색소의 색은 모든 시야각에서 동일하다는 점에서 구조색과 다르며, 구조색은 일반적으로 다층 구조로 인해 선택적 반사 또는 보는 각도에 따라 색깔이 달라지는 것에 대한 결과이다. 예를 들어 나비의 날개는 일반적으로 구조색을 포함하지만, 많은 나비에는 색소가 포함된 세포가 존재한다.