PDB (파일 형식)

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PDB(Protein Data Bank) File format, 단백질 정보 파일 형식은 텍스트로 된 파일 형식으로, 단백질 정보 은행에 실려있는 분자들의 3차원 구조를 설명하는 데 사용된다.

담겨있는 정보

이 파일은 원자들의 위치 정보들과 서열 정보, 그리고 구조를 정하고 주석을 단 연구자들에 대한 정보를 포함한다. 이 파일에는 파일 상의 정보를 이해하는 데 적합한 추가적인 정보가 수록될 수 있다.

경과

PDB는 시간이 지나면서 많은 변화와 교정을 거쳐 왔다. PDB 파일 형식의 시초는 컴퓨터 천공 카드의 폭에 의해 기록되었다.

그 외

이 외에도 PDB 서식은 단백질이나, 핵산의 구조에 한해서만 사용되지 않고, 기타 다른 분자. 가령 인공중합체 등의 구조를 설명하는 데에 대해서도 적용되고 있다. 이 PDB 형식은 많은 문제의 원인이 되었고, 그 결과 몇 개의 '대청소'프로젝트가 생겨났다.

외부 프로젝트

• NCBI 의 분자 모델링 데이터베이스
• 유럽생물정보학연구소의 거대분자 구조 데이터베이스
• RCSB의 자료 균일화 프로젝트

외부 링크

• PDB 형식 안내자 3.2- wwPDB에 의해 마련되었다. 이곳에서 PDB 형식의 명세서를 찾을 수 있으며, 이는 가공되지 않은 자료를 보기전에 필수적으로 읽어야 한다.
• 최근의 단백질 정보 은행은 PDB 자료를 XML 형식인 PDBML 형식으로 표현하는 것을 지원하고 있다.
• ftp.rcsb.org에서 가공되지 않은 자료를 볼 수 있다. 이 사이트는 KAIST에서 미러를 제공하고 있다.
• PDB 형식의 파일들은 HTTP를 통해서 다음 URL로 받을 수 있다. 가령 PDB 코드가 1L2Y인 단백질의 PDB를 http://www.pdb.org/pdb/files/1l2y.pdb.gz에서 받을 수 있다.
• XML 형식인 PDBML파일들은 HTTP를 통해서 다음 URL로 받을 수 있다. 가령 PDB 코드가 1L2Y인 단백질의 PDBML을 http://www.pdb.org/pdb/files/1l2y.xml.gz에서 받을 수 있다.
• RCSB 외에 PDB 파일을 구할 수 있는 대체적 장소로 ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rcsb/가 있다.
• PDB에 대한 통계자료는 www.pdb.org Archived 2015년 9월 7일 - 웨이백 머신에서 구할 수 있다.